São encontradas cerca de 170 espécies de répteis no Pantanal, dentre essas há 30 espécies de serpentes, tendo destaque a famosa sucuri-amarela (Eunectes notaeus). Uma grande variedade de lagartos são encontrados, podendo ser de pequeno porte como o Lagarto-do-ipê (Tropidurus guarani), até cerca de um metro, caso da iguana (Iguana iguana).  O jacaré-do-pantanal (Caiman yacare) é a espécie de réptil que predomina nos rios, podendo chegar até 3 metros de comprimento.

   Jacaré-do-pantanal (Caiman yacare)                         Iguana (Iguana iguana)

      Sucuri-amarela (Eunectes notaeus)                      Lagarto-do-ipê (Tropidurus guarani)